Pierwsze wzmianki o Żydach w Czarnym Dunajcu pochodzą z połowy XIX w., chociaż zapewne pojawili się tu już wcześniej. Według spisu przeprowadzonego w 1847 r. mieszkały tu następujące osoby: Hersz Breitkopf, Joseph Jacobshon, Izaak i Hirsch Korngutowie, Isaac i Mendel Ungarowie oraz Salomon Glucksman. Zajmowali się oni głównie handlem i propinacją, ale również nabywali ziemię od chłopów. Wzrost liczby Żydów w Czarnym Dunajcu był rezultatem zniesienia 1860 r. przez władze austriackie zakazu osiedlania się Żydów na tym terenie.
W 1880 r. w Czarnym Dunajcu mieszkało 221 Żydów, co stanowiło 8,9% ogółu mieszkańców. Podlegali gminie żydowskiej w Nowym Targu. Struktura zawodowa ludności żydowskiej stopniowo uległa zmianie. W tym czasie działały dwa domy modlitwy, łaźnia, kilka chederów oraz cmentarz. Zdecydowaną większość populacji stanowili chasydzi i ortodoksi.
W okresie międzywojennym populacja Żydów systematycznie rosła. W 1921 r. było 341 osób, w 1927 – 400, w 1939 – 405, co stanowiło ok. 14%. W porównaniu z innymi miejscowościami w Małopolsce, nie był to znaczny odsetek, ale i tak wpływ Żydów na życie miasta pozostawał widoczny. W 1920 r. Bernard Schwarzbrand aplikował na adwokata, a Jakub Stiller pracował jako koncypient adwokacki w Nowym Targu. W latach 30. XX w. w Czarnym Dunajcu działało trzech adwokatów: Leser Lamensdorf, Szymon Pacanower i Kopel Schlesinger. Najliczniejszą grupę stanowili drobni rzemieślnicy (krawcy, szewcy, piekarze, rzeźnicy), przedsiębiorcy, handlarze i szynkarze. Do przemysłowców zaliczali się Szymon Bronder, Juda Szabse Blitz, Izaak Aron Feit, Emil Faust, Adolf Horowitz (później był szynkarzem) i Józef Hirsch Spitz. Rzemiosło reprezentowali: czterej rzeźnicy – Chaim Salomon Bachner, Mojżesz Józef Flank, Izak Goldman, Pinkus Weiss; siedmiu piekarzy – Mortko Feuer Salommon Gutfreund, Wegdorf (Wiktor) Horowitz, Izak Jonas, Salomon Jonas, Georg Jonas, Bernard Lorberfeld (czeladnik piekarski); pięciu szewców – Józef Horowitz, Hirsch Langer, Mojżesz Lemmuler, Leibisch Trepper, Chaim Trepper; trzej krawcy – Chaim Kleinzahler, Adolf Stiller, Gedalje Weissmann; pięciu szynkarzy – Izak Kluger, Pinkus Kohn, Izak Kraus, Adolf Horowitz, Jakub Langer (restaurator).
Najwięcej dochodów przynosił pobliski tartak, należący do Landaua z Krakowa i zatrudniający ok. 200 pracowników. Na tym przykładzie można zauważyć, że status majątkowy czarnodunajeckich Żydów był zróżnicowany. Najczęściej dochody lokowano w nieruchomościach (domach, parcelach budowlanych, ogrodach lub w interesie, np. piekarni, szynku, restauracji, sklepie, szynku. Rzadko natomiast kupowano grunty orne.
Żydzi w Czarnym Dunajcu mieli do dyspozycji szkołę podstawową, osobną dla chłopców i dziewcząt. Tylko najbogatsi posyłali swoje dzieci na dalszą edukację do Nowego Targu i Krakowa. W 1929 r. otwarto szkołę Tarbutu, która szybko stała się najważniejszym ośrodkiem kształcenia młodzieży. Również pojawili się syjoniści, którzy zakładali organizacje: Ha-Szomer ha-Cair, „Akiba”, He-Chaluc. W 1930 r. otwarto bibliotekę i przedszkole prowadzone przez Andę Ceisler z Dębicy.
Stosunki z ludnością katolicką układały się poprawnie. Zdarzały się spięcia i prowokacje, jednak nie dochodziło do rozlewu krwi. Obok Żydów w Czarnym Dunajcu mieszkali także Cyganie, ale tylko ci pierwsi mieli reprezentację w radzie miejskiej. W 1920 r. w jej skład wchodziło ośmiu radnych żydowskich.
Od początku okupacji władze niemieckie stosowały wobec Żydów rozmaite represje. W styczniu 1940 r. ograniczono prawa do posiadania majątku oraz swobodnego poruszania się. Zabroniono posługiwania się językiem hebrajskim i zmuszano do wykonywania rozmaitych prac porządkowych. Systematycznie wywożono ich do getta utworzonego na przełomie maja i czerwca 1941 r. w Nowym Targu. Wszyscy zginęli później w niemieckim nazistowskim obozie zagłady w Bełżcu.
W Czarnym Dunajcu wprawdzie nie powstało getto, ale we wrześniu 1942 r. założono tu obóz pracy przymusowej. Żydów umieszczono koło stacji kolejowej, przy drodze do Nowego Targu. Przywieziono tu ok. 90 osób, głównie z Jordanowa, Mszany Dolnej, Limanowej, Ochotnicy i Szczawnicy. Pracowali oni w tartaku Homag, gdzie na potrzeby lotnictwa przygotowano hangary. Obóz zlikwidowano w maju 1943 r., a więźniowie zostali wywiezieni do obozu w Bełżcu.
W dniu 20.05.1942 r. Niemcy zabili Józefa Lehrera i jego córkę oraz Polaka, Karola Chracę, który dostarczał im żywność. Pochowano ich we wspólnej mogile na cmentarzu żydowskim. W lipcu 1942 r. zastrzelono w mieszkaniu rodzinę Pacanowerów, a w sierpniu kilkunastu chorych z Czarnego Dunajca i okolic, m.in. Georga (Gersona) Jonasa z żoną, Natana Neugewirtza z żoną, Henryka Balitzera z żoną, córką i ojcem oraz Ninę Kaus. Okupację przeżyli tylko nieliczni, którzy wkrótce po wojnie wyemigrowali z Polski, głównie do Izraela.
